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全外显子组测序

全外显子组测序介绍

  • 全外显子组测序(Whole Exome Sequencing, WES)是利用探针杂交富集外显子区域的DNA序列,通过高通量测序,发现与蛋白质功能变异相关突变的技术手段,相比于全基因组测序,外显子组测序更加经济、高效。

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应用方向

  • 癌症研究
  • 孟德尔疾病研究
  • 复杂疾病研究
  • 群体研究

方案设计

外显子测序主要对编码区的致病突变位点/基因进行筛选或预测,样本类型可以为家系样本和散发样本,也可以是肿瘤成对样本。根据疾病的类型及现有实验思路对样本进行选取。与人全基因组重测序相比,更适用于检测低频突变。

分析内容

分析内容
数据质控
序列比对
变异检测:SNP/InDel/CNV/SV
多样本变异位点异同分析
致病候选基因筛查预测
候选基因富集分析
调控网络分析
数据可视化
杂合性缺失分析
肿瘤突变负荷(TMB)分析
肿瘤纯度分析
肿瘤倍性分析
肿瘤异质性分析
临床数据整合分析
其他分析

案例解析

全外显子组测序鉴定先天性心脏病先证者的罕见和新生突变

本研究通过外显子组测序对2871个先天性心脏病(CHD)的先证者进行测序(其中2561个属于trios家系),共在8%的CHD患者中发现了新生突变;其中7个超过了全基因组意义的阈值,12个为之前研究未发现的与CHD致病相关的基因,本研究共计发现440个基因的新生突变与CHD有关,说明这些有害的新生突变与CHD的先证者相关性很强。研究表明对大型人群队列的测序将为CHD的遗传病因提供新的认识。


图片2

部分CHD乘三家系图

图片3

染色质修饰对功能丧失(LoF)突变的影响


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